Vidím 3 možné varianty.
1) Budete nadále provozovat IT práci i e-shop coby OSVČ, přičemž budete využívat paušální výdaje. Což je výhodné pro IT část, ale nevýhodné pro příjem z e-shopu.
2) Budete oboje provozovat jako OSVČ, ale budete uplatňovat skutečné výdaje. Což je výhodné pro e-shop, ale asi dost nevýhodné pro příjem z IT (předpokládám, že IT moc velké výdaje negeneruje). Není však ze zákona možné to zkombinovat tak, abyste coby OSVČ u příjmů z IT uplatňoval paušální výdaje a u příjmů z e-shopu ty skutečné. Musíte uplatňovat buď u obojího paušální nebo u obojího skutečné.
3) Budete vykonávat práci v IT jako OSVČ a pro provozování e-shopu si zřídíte s.r.o., přičemž budete muset zkousnout vyšší zdanění příjmů (19 %) a náklady na účetní služby. Pokud je obrat vašeho e-shopu skutečně několik set tisíc Kč měsíčně, jak tvrdíte, pak vám stejně dříve či později vznikne povinnost stát se plátcem DPH a pokud si nebudete schopen měsíční daňová přiznání k DPH, kontrolní hlášení aj. vypracovat a podat sám, budete tu účetní stejně potřebovat.